软件的设计步骤是描述软件实现的过程，与软件的总体开发过程模型并不矛盾。
其中，总体设计过程中的功能分解，需要先进行结构（非机械结构，指软件功能模块）设计，再进行过程（模块间的变换）设计。好的模块化设计能够显著的降低软件的复杂度（架构师的作用），即便是结构/功能模块层面也需要符合KISS原则，尽量降低模块的复杂度。另外不是模块越小越好（导致接口会越多），而是最少的模块最多的重用最好（问题类似于数学上的因式分解—获取公因数）。
模块化也有助于软件开发工程的组织管理，一个复杂的大型程序可以由许多程序员分工编写不同的模块，并且可以进一步分配技术熟练的程序员编写困难的模块。
对于工业自动化软件的开发而言，先将设备功能从设备的硬件（包括机械，液压，电气等）和软件上进行划分（有些功能非常明显的属于有硬件/软件实现，有些功能并不明显，需要总设计师进行平衡），再将功能间的状态变换通过软件实现。对于软件而言，还需要将软件拆分成上位机HMI和PLC的功能，再进行过程设计。详见机电一体化系统的组成。
参考资料：
- 《软件工程导论》-张海藩（第六版）